El Valle del Alto Mayo está situado en la parte nor - oeste de la Región San Martín, en el Perú, comprende dentro de su ámbito a las provincias de Moyobamba y Rioja.

El ámbito geográfico de acción principal del Proyecto Especial Alto Mayo se ubica en la zona del Alto Mayo, comprendidas en las provincias de Moyobamba y Rioja, además de las zonas priorizadas en los distritos de Pinto Recodo y Alonso de Alvarado de la Provincia de Lamas, comprendida dentro de la Región San Martín.

El área de acción actual lo constituyen 157,000 Ha. de tierras agrícolas y pecuarias de un total de 755,519 Ha. en el Alto Mayo, distribuidos: 486,448 Ha. y 269,071 Ha., en las márgenes derecha e izquierda del Río Mayo, respectivamente.

La sede central del proyecto se encuentra ubicada en el distrito y provincia de Moyobamba.

Además cuenta con Oficinas de Coordinación en la jurisdicción de la Provincia de Rioja, distritos de Rioja y Nueva Cajamarca y en la jurisdicción de la Provincia de Moyobamba, los Centros Poblados de Pueblo Libre y Pacayzapa.